【판결요지】
구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제2호, 제2호의2, 제2항 본문, 구 소득세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것) 제162조 제2항 규정들에 비추어 보면, 구 주택건설촉진법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 개정되어 2003. 7. 1.부터 시행되기 전의 것)에 의한 재건축조합의 조합원이 당해 조합에 기존의 주택이나 대지를 제공하고 재건축사업계획에 따라 취득하게 되는 새로 건설되는 주택 및 부대·복리시설(이하 ‘신축주택 등’이라 한다)을 분양받을 권리를 조합원으로부터 양수한 양수인이 그 후 완공된 신축주택 등의 소유권을 취득하여 제3자에게 신축주택 등을 양도하는 경우에, 양도되는 자산은 완공된 후의 신축주택 등이므로, 특별한 사정이 없는 한 양도소득세 세율의 기준이 되는 자산의 보유기간은 당해 자산인 신축주택 등의 취득일부터 양도일까지라 할 것이다.

【참조조문】
구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제2호, 제2호의2(현행 제104조 제1항 제3호 참조), 제2항, 구 소득세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것) 제162조 제2항(현행 삭제)

【전 문】
【원고, 상고인】 원고 (소송대리인 변호사 박형진)

【피고, 피상고인】 성남세무서장

【원심판결】 서울고법 2010. 6. 3. 선고 2009누36721 판결
【주 문】
상고를 기각한다. 상고비용은 원고가 부담한다.

【이 유】
상고이유를 판단한다.
1. 상고이유 제1, 3점에 관하여
구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제2호 및 제2호의2는, 제94조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 토지 및 건물과 제2호에서 규정하고 있는 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) 등의 자산에 대하여, 그 보유기간이 1년 미만인 것을 양도하는 경우에는 50%의 세율을 적용하고, 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것을 양도하는 경우에는 40%의 세율을 적용하도록 하는 등 자산의 보유기간에 따라 양도소득세율을 달리 적용하여 양도소득세를 산정하도록 규정하는 한편, 제104조 제2항 본문은 위 자산의 보유기간은 ‘당해 자산’의 취득일부터 양도일까지로 한다고 규정하고 있다.
그리고 구 소득세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19890호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제162조 제2항은 완성 또는 확정되지 아니한 자산을 취득한 경우로서 당해 자산의 대금을 청산한 날까지 그 목적물이 완성 또는 확정되지 아니한 경우에는 그 목적물이 완성 또는 확정된 날을 그 취득일로 보도록 규정하고 있다.
이 규정들에 비추어 보면, 구 주택건설촉진법(2002. 12. 30. 법률 제6852호로 개정되어 2003. 7. 1.부터 시행되기 전의 것, 이하 같다)에 의한 재건축조합의 조합원이 당해 조합에 기존의 주택이나 대지를 제공하고 재건축사업계획에 따라 취득하게 되는 새로 건설되는 주택 및 부대·복리시설(이하 ‘신축주택 등’이라 한다)을 분양받을 권리(입주자로 선정된 지위, 이하 ‘조합원 수분양권’이라 한다)를 그 조합원으로부터 양수한 양수인이 그 후 완공된 신축주택 등의 소유권을 취득하여 제3자에게 신축주택 등을 양도하는 경우에, 양도되는 자산은 완공된 후의 신축주택 등이므로, 특별한 사정이 없는 한 양도소득세 세율의 기준이 되는 자산의 보유기간은 당해 자산인 신축주택 등의 취득일부터 양도일까지라 할 것이다.
한편 구 소득세법 시행령 제162조 제3항 본문은 도시개발법 기타 법률에 의한 환지처분으로 인하여 취득한 토지의 취득시기를 환지 전의 토지의 취득일로 보고, 나아가 제166조 제5항에서 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지(이하 ‘기존건물 및 토지’라 한다)를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지(이하 ‘신축건물 및 토지’라 한다)를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익에 관하여는 기존건물 및 토지의 취득일 이후에 발생된 양도차익을 모두 가산하도록 규정하고 있다. 그렇지만 위 규정들은 환지처분으로 토지 등이 변경되는 경우에 양도로 보지 아니하는 구 소득세법 제88조 제2항의 규정을 근거로 하여, 기존건물 및 토지의 소유자였던 조합원이 기존건물 및 토지에 기초하여 관리처분계획 등에 따라 신축건물 및 토지를 취득한 후 이를 양도할 경우의 양도차익 산정에 관하여 특별한 규정을 둔 것이다. 따라서 원조합원과는 달리 기존건물에 관하여 소유권을 취득하지 못하고 신축건물 및 토지에 대한 조합원 수분양권을 양수함에 그친 경우에도 당연히 위 규정들의 효력이 미친다거나 위 규정들이 유추적용된다고 할 수는 없으므로, 위 규정들을 근거로 하여 조합원 수분양권 양수인의 신축건물 및 토지에 관하여도 보유기간을 특별히 취급할 것은 아니다.
원심은, 구 주택건설촉진법에 의한 재건축사업에 의하여 신축되는 이 사건 신축아파트에 관한 이 사건 조합원 수분양권을 양수한 원고 부부가 이 사건 신축아파트의 소유권을 취득한 후 제3자에게 양도한 이 사건에서, 이 사건 신축아파트의 보유기간은 이 사건 신축아파트의 취득일부터 제3자에게 양도한 날까지라고 보고, 이와 달리 이 사건 조합원 수분양권의 양수일부터 보유기간을 산정하여 청구하는 이 사건 세액 경정 청구를 거부한 이 사건 처분이 적법하다고 판단하였다.
원심판결 이유를 적법하게 채택된 증거들에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 앞서 본 법리에 기초한 것으로 보이고, 거기에 상고이유에서 주장하는 바와 같이 실질과세의 원칙 및 세법해석의 원칙이나 양도 자산의 취득시기 및 보유기간 등에 관한 법리를 오해하는 등의 위법이 없다.
2. 상고이유 제2점에 관하여
원심은, 이 사건 조합원 수분양권의 보유기간을 이 사건 신축아파트의 보유기간에 산입할 근거가 없는 이상, 위 보유기간의 산정에 관하여 결과적으로 원고를 조합원 수분양권을 취득하지 않고 신축아파트를 취득한 사람과 같게 취급하게 되더라도 이것이 불합리한 차별이어서 평등의 원칙에 반하여 위법하다고 볼 수 없고, 이 사건 신축아파트의 취득일을 이 사건 조합원 수분양권의 취득일로 앞당길 법률상 근거가 없는 이상, 피고가 ‘재건축조합의 조합원 수분양권을 승계취득한 자가 신축주택 준공일부터 1년이 지난 뒤로서 2003년 이후에 신축주택 및 토지를 양도한 경우’에는 그 보유기간을 조합원 수분양권 취득일부터 기산하도록 하는 내용의 업무지침을 마련하여 시행하였다는 사정만으로는, 이 사건 신축아파트의 보유기간을 이 사건 신축아파트의 취득일부터 기산하는 것이 평등의 원칙에 위반되어 위법하다고 볼 수도 없다고 판단하였다.
관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유의 주장과 같이 헌법상의 평등원칙을 위반하는 등의 위법이 없다.
3. 상고이유 제4점에 관하여
구 소득세법 제96조 제2항 제1호 및 제4호는 양도대상 자산이 고가주택에 해당하거나 취득 후 1년 이내에 양도하는 부동산인 경우에 그 자산의 양도가액을 실지거래가액에 따른다고 규정하고 있고, 같은 법 제97조 제1항 제1호 (가)목 본문, 제100조 제1항에 의하면 이 경우 그 취득가액도 실지거래가액에 따라야 한다.
원심은, 이 사건 신축주택은 그 실지거래가액이 6억 원을 초과하는 고가주택에 해당할 뿐만 아니라, 원고가 이 사건 신축아파트의 취득일부터 1년 이내에 이를 양도한 이상, 이 사건 신축아파트에 대해서는 그 양도가액뿐만 아니라 취득가액도 기준시가가 아닌 실지거래가액에 의하여 산정하여야 한다고 판단하였다.
원심의 판단은 위의 법리에 기초한 것으로서, 거기에 상고이유의 주장과 같이 양도차익 산정에 관한 법리를 오해한 위법이 없다.
4. 결론
그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

대법관   신영철(재판장) 이상훈 김용덕(주심) 김소영

(출처 : 대법원 2012.12.13. 선고 2010두12033 판결【양도소득세경정거부처분취소】 [공2013상,179])